Kontrola podatkowa – jak się do niej przygotować

„Kontrola podatkowa” to słowa, których żaden przedsiębiorca nie chce usłyszeć i które u każdej księgowej wywołują dreszcze. W przekonaniu wielu informacja o wszczęciu kontroli nie wróży niczego dobrego i jest zwiastunem kłopotów. Nie musi tak być.

Kontrola podatkowa to jeden ze stałych elementów funkcjonowania systemu podatkowego i nie powinna być postrzegana wyłącznie jako sytuacja nadzwyczajna czy sankcyjna. Jej podstawowym celem jest weryfikacja prawidłowości wywiązywania się przez podatnika z obowiązków podatkowych.

Ponieważ najbardziej boimy się nieznanego, najlepszym sposobem na zarządzenie kontrolą podatkową w organizacji jest właściwe przygotowanie się do niej jeszcze zanim ta kontrola się zacznie. Kluczowe znaczenie ma więc nie tylko sama poprawność rozliczeń, ale również sposób reakcji przedsiębiorcy na działania organów i poziom przygotowania organizacyjnego firmy.

Informacja o kontroli

Co do zasady kontrola podatkowa poprzedzona jest zawiadomieniem o zamiarze jej wszczęcia, a organ może rozpocząć czynności nie wcześniej niż po siedmiu dniach i nie później niż po 30 dniach od jego doręczenia. W praktyce ten czas bywa kluczowy, a pierwsza reakcja przedsiębiorcy może zaważyć na dalszym przebiegu kontroli.

Ważne jest zatem, aby ta reakcja była wyważona i ograniczała się do niezbędnego minimum czynności zmierzających do planowego przygotowania się do faktycznej kontroli, przygotowania dokumentów, ich dodatkowej weryfikacji, zaplanowania podejmowanych czynności.

Istnieją jednak pewne wyjątki od tej zasady – m.in. w przypadku kontroli celno-skarbowej – gdzie element zaskoczenia jest świadomie wykorzystywany przez organy, a wcześniejsze zawiadomienie nie jest wymagane. W tym przypadku plan działania na wypadek kontroli celno-skarbowej musi być opracowany dużo wcześniej, a osoby odpowiedzialne za pierwszy kontakt z organem muszą być do tego właściwie przygotowane.

Zakres i przebieg kontroli w praktyce

Kontrola podatkowa nie jest działaniem dowolnym – jej zakres powinien być precyzyjnie określony w upoważnieniu. W praktyce jednak organy często dążą do jego rozszerzenia, żądając dokumentów i informacji wykraczających poza pierwotnie wskazany obszar.

Przedsiębiorca ma obowiązek współdziałania z organem, ale nie oznacza to bezwarunkowej zgody na każde jego żądanie. Kluczowe znaczenie ma umiejętne zarządzanie komunikacją z kontrolującymi oraz dokumentowanie przebiegu czynności. W praktyce jednak wielu przedsiębiorców koncentruje się wyłącznie na obowiązku „udostępnienia wszystkiego, o co poprosi organ”.

Prawa przedsiębiorcy w toku kontroli podatkowej mają charakter realnych instrumentów ochrony interesów podatnika, a nie jedynie deklaratywnych gwarancji. Kontrola jest postępowaniem sformalizowanym, a każde działanie organu powinno mieć podstawę prawną i mieścić się w określonych granicach.

Przede wszystkim przedsiębiorca ma prawo ustanowić pełnomocnika już od pierwszego dnia kontroli, a w praktyce – jeszcze przed jej wszczęciem. Rola pełnomocnika nie ogranicza się do biernej obecności. To on:

• weryfikuje legalność działań kontrolujących,
• nadzoruje zakres żądanych dokumentów,
• uczestniczy w przesłuchaniach i składaniu wyjaśnień,
• reaguje na próby rozszerzania kontroli poza wskazany zakres,
• a nawet odpowiada za całą komunikację z organem, stanowiąc barierę ochronną między podatnikiem a urzędem.

Sama już obecność profesjonalnego pełnomocnika może znacząco wpłynąć na sposób prowadzenia kontroli przez organ. Przede wszystkim pełnomocnik czuwa nad realizacją obowiązków przez organ, w szczególności obowiązków informacyjnych. Przedsiębiorca powinien każdorazowo wiedzieć:

• dlaczego dany dokument jest żądany,
• na jakiej podstawie organ go żąda,
• czy żądanie mieści się w zakresie kontroli.

Brak reakcji na nieprecyzyjne lub nadmierne żądania często prowadzi do niekontrolowanego „rozlewania się” kontroli na kolejne obszary działalności. Dotyczy to również przypadków składania wyjaśnień. Organy często oczekują odpowiedzi tu i teraz, jednak podatnik nie jest zobowiązany do udzielania wszystkich informacji na żądanie. Każdorazowo może wskazać, że wyjaśnienia złoży na piśmie, a organ powinien udzielić na to dodatkowego terminu.

Również obowiązek współdziałania z organem nie jest bezwzględny. Przedsiębiorca ma prawo:

• odmówić udzielenia informacji wykraczających poza zakres kontroli,
• odmówić sporządzania analiz, zestawień czy kalkulacji, które nie istnieją w firmie w momencie kontroli,
• wskazać, że określone informacje objęte są tajemnicą przedsiębiorstwa.

W praktyce organy często próbują przerzucać na podatnika ciężar „odtworzenia” stanu faktycznego, co nie znajduje podstawy prawnej.

Jak być gotowym na kontrolę

Przedsiębiorca powinien wdrożyć pewne wewnętrzne mechanizmy lub wypracować nawyki, które przygotują go na pierwszy kontakt z organem podatkowym.

Po pierwsze, należy właściwie dokumentować transakcje podatkowe.

Przykład

Eksport wymaga wykazania wyprowadzenia towaru poza obszar celny UE, aby móc zastosować zerową stawkę VAT. Już na moment dokonywania dostawy podatnik powinien więc kompletować wymagane dokumenty i przechowywać je przez co najmniej pięć lat (faktury, listy przewozowe, faktury za usługi transportowe, komunikaty generowane z celnych systemów elektronicznych itp.).

Niejednokrotnie kontrole mają miejsce na krótko przed terminem przedawnienia, kiedy to powrót do zdarzeń w przeszłości – właśnie z uwagi na upływ czasu – jest trudny, a brak zapisanych dokumentów może doprowadzić do niekorzystnego wyniku kontroli.

Należy również z dbałością podchodzić do archiwizowania umów z kontrahentami lub korespondencji mailowej. Przedsiębiorca realizując obowiązki dokumentacyjne powinien zadawać sobie pytanie, czy jeśli nadejdzie kontrola podatkowa, to ma dowody na słuszność swojego działania I czy potrafi wyjaśnić, dlaczego postąpił tak, a nie inaczej.

Po drugie, należy zadbać o formalności. Trzeba sprawdzić wszystkie aktualne pełnomocnictwa udzielone pracownikom lub osobom spoza organizacji. Czy pracownicy obciążeni obowiązkiem „obsługi” kontroli rzeczywiście mają umocowanie do reprezentowania stanowiska całego przedsiębiorstwa? W praktyce obserwujemy, że dla kontrolowanych nie do końca jest jasne, kto może się podpisać pod pismem stanowiącym odpowiedź na wezwanie. Do takiej zaś czynności zawsze należy mieć pełnomocnictwo udzielone przez pracodawcę (kontrolowanego).

Częstym problemem są również zmiany kadrowe. Zagadnieniem rozliczeń podatkowych mogły się zajmować osoby, które przestały już pracować w firmie. Gdy zaś po kilku latach wszczynana jest kontrola, przedsiębiorcy niejednokrotnie rozkładają ręce, nie potrafiąc wyjaśnić np. dlaczego w danej transakcji zastosowana została obniżona stawka VAT. Dlatego wracamy tutaj do pierwotnego problemu, jakim jest należyta dokumentacja transakcji. Ta dokumentacja musi być jednak powiązana z płynnym przekazywaniem obowiązków na wypadek odejścia kluczowego pracownika. Przy czym należy pamiętać, że nie chodzi tutaj tylko o pracownika odpowiadającego za rozliczenia podatkowe. Niejednokrotnie znaczenie mają pracownicy z działu obsługi klienta, sprzedaży lub działów zajmujących się zakupami, a także z magazynu.

Warto zatem podchodzić do kontroli z roztropnością i uświadomić pracowników, że kwestia gromadzenia dokumentów to nie „praca dla pracy”, ale znajdujący swoje uzasadnienie obowiązek, który zapewni bezpieczeństwo podatkowe firmy.

Najlepszą strategią wobec kontroli podatkowej jest więc przygotowanie się do niej jeszcze zanim zostanie wszczęta. Obejmuje to nie tylko prawidłowe rozliczenia, ale również posiadanie aktualnej dokumentacji podatkowej, procedur wewnętrznych oraz jasno określonych ról w organizacji.

Coraz większe znaczenie ma funkcja compliance podatkowego, która pozwala nie tylko ograniczyć ryzyka, ale także wykazać przed organami należytą staranność w zarządzaniu podatkami.

Najczęstsze obszary ryzyka

Organy podatkowe koncentrują się na obszarach o największym potencjale doszacowań. W praktyce są to przede wszystkim:

• rozliczenia VAT (prawo do odliczenia, stawki, transakcje łańcuchowe),
• koszty uzyskania przychodów (usługi niematerialne, refaktury),
• ceny transferowe i rozliczenia wewnątrzgrupowe,
• dochowanie należytej staranności w transakcjach z kontrahentami,
• podatek u źródła.

To właśnie w tych obszarach brak dokumentacji lub spójnej argumentacji najczęściej prowadzi do sporów.

Zdaniem Agnieszki Ławnickiej: 

Kontrola podatkowa nie musi oznaczać kryzysu, pod warunkiem że przedsiębiorca traktuje ją jako proces wymagający przygotowania i zarządzania. Kluczowe znaczenie mają: świadomość praw i obowiązków, szybka reakcja na działania organów oraz spójna strategia komunikacyjna. W realiach coraz bardziej zinformatyzowanej administracji podatkowej przewagę mają ci podatnicy, którzy myślą o kontroli nie w momencie jej wszczęcia, lecz na długo przed nim.

Warto pamiętać, że przedsiębiorca może skonsultować się z profesjonalnymi doradcami, aby zidentyfikować obszary ryzyka w swoich rozliczeń podatkowych albo też zasięgnąć informacji co do prawidłowego postępowania na przyszłość. Zasada „lepiej zapobiegać niż leczyć” ma w tym przypadku szczególne znaczenie. W razie kontroli podatkowej znacznie korzystniej jest móc przedstawić dowody należytej staranności oraz dbałości o prawidłową realizację obowiązków podatkowych, niż ograniczać się do zapewnień, że rozliczenia były prawidłowe, lecz zabrakło odpowiedniej dokumentacji.

Podstawy prawne:

art. 282b ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz.U. z 2025 r., poz. 111 ze zm.)

art. 54 ustawy z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (tekst jedn. Dz.U. z 2025 r., poz. 1131 ze zm.)