Polskie przepisy pozbawiające możliwości korekty faktur (czy deklaracji) po wszczęciu kontroli podatkowej są niezgodne z prawem UE (wyrok TSUE w sprawie C-48/20).

Sprawa zawisła przed TSUE dotyczyła litewskiej spółki (dalej: „Spółka”), która udostępniała litewskim firmom transportowym karty paliwowe umożliwiające zaopatrywanie się w paliwo na niektórych stacjach paliw znajdujących się na terytorium Polski. Zdaniem Spółki, Jej działalność handlowa polegała na zakupie paliwa od polskich stacji paliw w celu odsprzedaży go litewskim spółkom transportowym. Transakcje były finansowane przy użyciu kart paliwowych. Odprzedaż miała miejsce na terytorium Polski, stąd dochodziło do sprzedaży krajowej opodatkowanej polskim VAT, pomimo że odbiorcami były podmioty litewskie. Spółka argumentując swoje stanowisko, powoływała się na wykładnię przepisów ustawy o VAT dokonywaną w indywidualnych interpretacjach urzędowych.

Innego zdania były jednak organy prowadzące postępowanie wymiarowe, które zakwestionowały prawo Spółki do odliczenia podatku naliczonego z faktur otrzymanych z tytułu zakupu paliwa na stacjach paliw. Spółka nie dysponowała bowiem prawem do rozporządzania tym paliwem jak właściciel. Następnie, odnosząc się do transakcji sprzedaży dokonywanej przez Spółkę, organy podatkowe uznały, że Spółka wystawiła i wprowadziła do obrotu faktury, w których ujęła fikcyjną odsprzedaż paliwa na rzecz swoich klientów (firm litewskich). W ocenie organów podatkowych łańcuch dostaw paliwa powinien być skrócony o odprzedaż realizowaną przez Spółkę.

Spółka podniosła więc, że skoro sprzedaż (odprzedaż paliwa do klientów) nie została zrealizowana, jak twierdzą polskie organy podatkowe, to Spółka powinna być uprawniona do korekty faktur wykazujących wcześniej nienależny VAT (tj. powinna być uprawniona np. do wyzerowania tych faktur). W toku postępowania sądowoadministracyjnego powstała wątpliwość, czy organ podatkowy może pozbawić Spółkę możliwości korekty faktur na podstawie sankcyjnej regulacji z art. 108 ustawy o VAT dotyczącej tzw. pustych faktur, zobowiązującej do zapłaty podatku nienależnie wykazanego na fakturze. Pytanie prejudycjalne do TSUE skierował w tej sprawie Naczelny Sąd Administracyjny.

18 marca 2021 r. Trybunał wydał wyrok rozstrzygając powyższą wątpliwość i zajmując korzystne dla Spółki stanowisko. W ocenie TSUE, polskie przepisy pozbawiające podatnika działającego w dobrej wierze możliwości korekty faktur (czy deklaracji) po wszczęciu kontroli podatkowej sprzeciwiają się art. 203 Dyrektywy 2006/112/WE oraz zasadzie proporcjonalności i neutralności VAT, a w konsekwencji są niezgodne z prawem UE.

Wyrok ten jest istotny nie tylko dla podatników mających problem z wystawieniem faktur, w których nienależnie został wykazany VAT i potencjalne zastosowanie znajduje art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, lecz również dla innych podatników pozbawionych prawa korekty deklaracji VAT wskutek wszczętej kontroli podatkowej lub postępowania. Wykładnia TSUE zaprezentowana w tym wyroku dostarcza podatnikom nowych argumentów w sporach z organami podatkowymi, zwłaszcza gdy podatnicy ci działają w dobrej wierze wykazując na fakturze kwotę podatku – w danym momencie, w ich ocenie – należnego. Dodatkowo, wyrok można w pewnych sytuacjach rozciągnąć także na tych podatników, którzy chcieliby dokonać korekty deklaracji niezwiązanej z prowadzoną kontrolą lub postępowaniem, lecz dotyczącą okresów rozliczeniowych objętych tą kontrolą lub postepowaniem. Art. 81b Ordynacji podatkowej wyłącza możliwość takiej korekty, co może być niezgodne z zasadą proporcjonalności i neutralności VAT.